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第一，發酵原料的一個處理問題 ，在一些發酵原料的工業微生物中是不能直接使用的，是需要做相關處理的比如粉碎與蒸煮與水解成葡萄糖以作微生物的一個利用。
第二，發酵過程的一個準備，就是發酵前必須進行與種子的配備與無菌的一個消毒。前提是需要有一個高壓蒸汽滅菌。
第三，生物反應器以及反應條件的一個選擇，由于使用的微生物的不同，其代謝規律不一樣，因此有了厭氧的一個種方法
第四，就是在產品的分離與純化上，是需要把發酵液中制取符合質量指標的一個制品。
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