我們一直以來對顯微鏡的工作進行之后需要很多精細的清理方式，比如我們觀察后需要清理的有這些，如下：
1.我們必須把我們在使用顯微鏡的時候所產生的垃圾給清理好，不能有污染物，比如灰塵，殘物，必須采用一定的專業工具例如擦鏡紙，如果萬一擦不了，必須粘點二甲苯來進行配合擦拭。
2.我們還需要在工作之后把顯微鏡的各個部位的裝置進行歸位，以防把反光鏡和載物臺上有灰塵落入，還需要有防塵罩而后再放到箱子內，保存。
特別注意：在我們工作的時候必須動作要輕，不能有振動，所以我們必須注意光軸的斜度從而影響了我們的工作觀察，最后是光學玻璃是比較會損壞的。
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